Bom dia!

Partindo da premissa que ocorreu o sinistro durante o transporte do gado bovino em operação interna, não se trata de interrupção do diferimento previsto nos incisos do artigo 13 do Anexo VII do Decreto 2.214/2014 (Regulamento do ICMS de MT), devendo o remetente emitir uma NF-e de entrada com base na legislação transcrita abaixo, colocando no campo Dados adicionais, informações complementares as observações que considerar pertinentes, como o número do Boletim de Ocorrências e os dados da NF-e de origem. Posteriormente emitir NF-e de baixa com o CFOP 5.927.

DECRETO 2.214/2014 (REGULAMENTO DO ICMS DE MT)

Art. 4° Para os efeitos da aplicação da legislação do imposto:

II – considera-se, ainda:

1. a) devolução de mercadoria, a operação que tenha por objeto anular todos os efeitos de uma operação anterior;

5.927 - Lançamento efetuado a título de baixa de estoque decorrente de PERDA, roubo, deterioração.
Classificam-se neste código os registros efetuados a título de baixa de estoque decorrente de perda, roubo, deterioração.

Resumindo: O evento não está alcançado pela tributação do ICMS.