Boa tarde!

 A primeira regra utilizada para cálculo do ICMS ST de medicamentos no estado de Mato Grosso é o PMC, conforme estabelece o Art. 5º do Anexo X do RICMS/MT. Já na hipótese de não existir PMC para o medicamento, utiliza-se como segundo critério o PMPF de que trata a Portaria nº 061/2020-SEFAZ.

Na hipótese de utilização do PMC como critério, o estabelecimento deve se atentar para as demais exigências previstas no Art. 13-A do Anexo V do RICMS/MT, tendo em vista que o benefício não é extensivo à todas operações ou produtos farmacêuticos.

Nesta hipótese, podem ser aplicados os percentuais de redução previstos nos artigos 2º e 3º da Portaria nº 198/2019 que estabelece:

Art. 2° Ficam fixados os percentuais de redução a serem aplicados sobre o PMC, nos termos do § 3° do artigo 13-A do Anexo V do RICMS/2014, conforme enquadramento do fármaco ou medicamento, nas hipóteses adiante arroladas: (Nova redação dada pela Port. 043/2020)

I - referência: 26,03% (vinte e seis inteiros e três centésimos por cento);
II - genérico: 54,41% (cinquenta e quatro inteiros e quarenta e um centésimos por cento);

III - similar: 47,79% (quarenta e sete inteiros e setenta e nove centésimos por cento).

IV - demais hipóteses: 47,79% (quarenta e sete inteiros e setenta e nove centésimos por cento). (Acrescentado pela Port. 043/2020)

Art. 3° Para os fármacos e medicamentos, de uso humano, incluídos no Programa "Farmácia Popular do Brasil", de acordo com a legislação específica do Ministério da Saúde, o percentual de redução a ser aplicado sobre o PMC será de 70,0% (setenta por cento), ficando afastado o disposto no artigo 2°. (Acrescentado pela Port. 043/2020)

As saídas internas provenientes de contribuintes atacadistas do segmento de medicamentos que somente farão jus aos redutoresda Portaria n°198/2019, desde que atendam cumulativamente todos os requisitos do art. 13-A, § 7° do Anexo V do RICMS.

II - operações internas, desde que efetuadas por estabelecimentos atacadistas matogrossenses, e sejam por estes atendidos, cumulativamente, os seguintes requisitos:
a) exerça atividade econômica intermediária entre o industrial e/ou seu centro de
distribuição e o varejista;
b) a atividade econômica seja desenvolvida em estabelecimento comercial com efetiva
logística de armazenamento, transporte e distribuição comercial dos produtos
industrializados;
c) a atividade econômica seja desenvolvida por equipe de vendas externas para
varejistas, instalados em território mato-grossense.

CÁLCULOS:

I - medicamentos constantes na tabela PMC da CMED/Anvisa;
Aplicar os redutores publicados na portaria 198/2019, segregados em referências,
genéricos, similares e outros.

Exemplo: Medicamento Similar com redução de 47.79% (52,21% da base de cálculo).
Produto 800,00
Base de cálculo ST (PMC) 1.000,00
Base de Cálculo com redução de 47.79% 522,10
Crédito (limitado a 7%) 7% 56
(dispensa do estorno proporcional do crédito – Decreto 343/2020)
Alíquota interna: 17%
Cálculo:
=(base de cálculo) x (alíquota interna) – (base de cálculo X alíquota)
=(522,10 x 17%) – (800,00 x 7%)
= 88,75 – R$ 56
= 32,75 ICMS ST a recolher

II - Medicamentos que NÃO estão na tabela PMC da CMED/Anvisa;
O remetente poderá aplicar a MVA reduzida de 46,05%, visando simplificar os
procedimentos de retenção das operações sujeitas ao regime ICMS ST e caberá ao destinatário apurar as eventuais diferenças nas hipótese devidas (art. 2°-B, parágrafo único, I e II da Portaria 195/2019).

Exemplo:
Base de cálculo: R$ 1.000,00
MVA Portaria 195/2019: 46,05%
Crédito (limitado a 7%) 7%
Alíquota interna: 17%
Cálculo:
=(base de cálculo + MVA) x (alíquota interna) – (base de cálculo X alíquota)
=(1.000,00 + 46,05%) x (17%) – (1.000,00 x 7%)
= R$ 248,28 – R$ 70
ICMS ST = R$ 178,28 

Segue PDF de manual com mais detalhes sobre ST, incluindo medicamentos:

https://www5.sefaz.mt.gov.br/documents/6071037/13519101/Manual+ICMS+ST+MT+abril+2020+CMGC+vers%C3%A3o+3.0+de+16-03-2020+validado+UPTE.pdf/72559b19-c953-691f-6516-b418e1436ba7