De maneira simplificada, a empresa emissora de CT-e gerará um arquivo eletrônico contendo as informações fiscais da prestação de serviço, que deverá ser assinado digitalmente de maneira a garantir a integridade dos dados e a autoria do emissor.

Este arquivo eletrônico, que corresponde a Conhecimento de Transporte Eletrônico de Cargas - CT-e - será então transmitido pela Internet para Secretaria da Fazenda que fará uma pré-validação do arquivo e devolverá, em tempo real, um protocolo de recebimento (autorização de uso).

Após o recebimento do CT-e, a Secretaria da Fazenda disponibilizará consulta na Internet para que o tomador e outros legítimos interessados que detenham a chave de acesso do documento eletrônico possam verificar sua autorização e conteúdo.

Este mesmo arquivo (CT-e) será ainda transmitido pela Secretaria de Fazenda para a Receita Federal, que será o repositório nacional de todos os CT-e emitidos e, no caso de uma operação interestadual, também para as Secretarias de Fazenda da unidade federada do início e do término da prestação de serviço de transporte, e do tomador.
Para acobertar a prestação de serviço será impressa uma representação gráfica do Conhecimento de Transporte Eletrônico, intitulado DACTE (Documento Auxiliar do CT-e), em papel comum. Conterá impressa, em destaque, a chave de acesso para consulta do CT-e na Internet e um código de barras unidimensional que facilitará a captura e a confirmação de informações do CT-e pelos Postos Fiscais de Fronteira dos demais Estados.

O DACTE não é um conhecimento de transporte, nem substitui um conhecimento de transporte, servindo apenas como instrumento auxiliar para consulta do CT-e no site da SEFAZ. O tomador do serviço, não credenciado para emitir CT-e, poderá utilizar os dados contidos no DACTE para a escrituração do CT-e.

A validade ficará vinculada à efetiva existência do CT-e nos arquivos das administrações tributárias envolvidas no processo, comprovada através da emissão da Autorização de Uso e consultada pelo tomador do CT-e.