Art. 14. Do resultado da análise referida no artigo 13, a SEFAZ/MT cientificará o emitente, conforme o caso:

II - da rejeição do arquivo da NF-e, em virtude de:

a) falha na recepção ou no processamento do arquivo;

b) falha no reconhecimento da autoria ou da integridade do arquivo digital;

c) remetente não credenciado para emissão da NF-e;

d) duplicidade de número da NF-e;

e) falha na leitura do número da NF-e;

f) outras falhas no preenchimento ou no leiaute do arquivo da NF-e;

III - da denegação da Autorização de Uso da NF-e, em virtude de:

a) irregularidade fiscal do emitente;

b) irregularidade fiscal do destinatário.

§ 2º Em caso de rejeição do arquivo digital, o mesmo não será arquivado na SEFAZ/MT para consulta, sendo permitido ao interessado nova transmissão do arquivo da NF-e nas hipóteses das alíneas a, b e e do inciso II do caput deste artigo.

§ 3º Em caso de denegação da Autorização de Uso da NF-e, o arquivo digital transmitido ficará arquivado na SEFAZ/MT para consulta, nos termos do artigo 35, identificado pela seguinte expressão "Denegada a Autorização de Uso".

§ 4º No caso do § 3º deste artigo, não será possível sanar a irregularidade e solicitar nova Autorização de Uso da NF-e que contenha a mesma numeração.

Uma  NFe  é  rejeitada quando existem inconsistências nas informações enviadas ao Fisco. 

Deve  ser  corrigida  as  inconsistências.

E  emitir  novamente.    Para  autorização.

Uma  NFe   denegada  significa que a Sefaz identificou irregularidades do emissor ou do destinatário da NF-e e ela não pode ser faturada / autorizada.

Não há possibilidade de alteração dos dados, cancelamento ou reutilização da NFe.

NFe denegada, nada mais pode ser feito.

Basta a empresa lançar  a  NFe  como  denegada.

A dúvida é o seguinte, o contribuinte verificou que no seu sistema possui NF-e e NFC-e de calendários anteriores que alguns desses documentos fiscais se encontram rejeitadas ou ainda em checagem com a Sefaz. Qual o procedimento que deve ser seguido para essas situações onde, não houve a autorização do documento perante a Sefaz?

Lembrando que a Sefaz é muito instável conforme consulta de disponibilidades do Estado no Portal da NF-e.