Questionamento: "Bom dia, então nesse caso a empresa não destacaria nenhum ICMS em suas saídas e consequentemente a filial não aproveitaria nenhum crédito em suas entradas certo?"

Foi dito que não se destaca o imposto na nota fiscal de transferência e também foi dito "Quanto à prestação de informação ou não no quadro “dados adicionais” da NF-e, por conta do disposto no Art. 125-A das DP do RICMS-MT (veja, por favor, o que diz o Art. 125-A), há que se aguardar a edição de norma complementar." 

(...) filial não aproveitaria nenhum crédito em suas entradas certo?

"por conta do disposto no Art. 125-A das DP do RICMS-MT, há que se aguardar a edição de norma complementar." 

Não nos manifestamos quanto a matéria que se encontra pendente de Norma complementar.

RICMS-MT  Disposições Permanentes 

Art. 125-A Nas saídas de mercadoria de estabelecimento para outro de mesma titularidade, são mantidos os créditos relativos às operações e prestações anteriores em favor do contribuinte, inclusive nas hipóteses de transferências interestaduais em que os créditos serão assegurados:

I - pela unidade federada de destino, por meio de transferência de crédito, limitados aos percentuais estabelecidos nos termos do inciso IV do § 2° do art. 155 da Constituição Federal, aplicados sobre o valor atribuído à operação de transferência realizada;

II - pela unidade federada de origem, em caso de diferença positiva entre os créditos pertinentes às operações e prestações anteriores e o transferido na forma do inciso I deste parágrafo.

Não se considera ocorrido o fato gerador do imposto na saída de mercadoria de estabelecimento para outro de mesma titularidade (§ 15, Art. 3° das DP do RICMS-MT);

Considera-se “transferência”, a operação de que decorra a saída de mercadoria ou bem de um estabelecimento com destino a outro, pertencente ao mesmo titular (alínea b, inciso II, Art. 4° das DP do RICMS-MT).

Assim, a saída de mercadoria de estabelecimento para outro de mesma titularidade (operação de transferência, interna ou interestadual) está fora do campo de incidência do ICMS, logo a CST a ser utilizada é x41, conforme ​TABELA B do Anexo III do RICMS-MT.

Quanto à prestação de informação ou não no quadro “dados adicionais” da NF-e, por conta do disposto no Art. 125-A das DP do RICMS-MT, há que se aguardar a edição de norma complementar.