Como já foi esclarecido, o transporte de mercadorias em veículo do próprio estabelecimento, assim considerado aquele em seu nome, ou do qual detenha a posse em virtude de contrato de locação, arrendamento, comodato, etc, não caracteriza a prestação de serviço de transporte, não sendo necessária a emissão de CT-e. Nesta hipótese é necessária porém a emissão do MDF-e, conforme estabelece o Inciso II do § 2º do Art. 343 do RICMS/MT.

Tratando-se porém e contratação de transportador autônomo ou de outra unidade da federação, o emitente da NF-e poderá, alternativamente emitir o CT-e, nos termos do disposto no Art. 340 do RICMS/MT.

Quanto à possibilidade de aproveitamento de crédito pelo tomador nesta hipótese, a legislação tributária estadual não é clara. Desta forma sugerimos que seja feita consulta formal junto à SEFAZ/MT.

Atenciosamente,

Uirdino de Souza Andrade

CATR/SAC/SARP/SEFAZ

Roberto, nesse caso, me parece que a emissão do CT-e é dispensada, já que não uma prestação de serviço de transporte, pois não ocorre um contrato com um terceiro para o transporte. 

Conforme Ajuste SINIEF nº 21/2010, tal situação se enquadraria na Cláusula Terceira, inciso II, sendo que deverão ser emitidos então a NF-e referente ás mercadorias e o MDF-e correspondente.

Cláusula terceira O MDF-e deverá ser emitido:

II - pelo contribuinte emitente de NF-e de que trata o Ajuste SINIEF 07/05, de 30 de setembro de 2005, no transporte de bens ou mercadorias realizado em veículos próprios ou arrendados, ou mediante contratação de transportador autônomo de cargas.

Grande abraço!

Art. 3° Considera-se ocorrido o fato gerador do imposto no momento: (cf. caput do art. 3° da Lei n° 7.098/98)

V – do início da prestação de serviços de transporte interestadual e intermunicipal, de qualquer natureza;

(...)

Art. 4° Para os efeitos da aplicação da legislação do imposto:

III – não se considera prestação de serviço o transporte realizado em veículo próprio, assim entendido aquele registrado em nome do remetente ou destinatário constante da Nota Fiscal.

Não ocorrendo a prestação de serviços, não ha porque emissão do CTE.