@marciane, bom dia!

Não há previsão no regulamento do ICMS, bem como na PORTARIA N° 160/2021-SEFAZ ou outra norma, de qual providência deve tomar o contribuinte no caso em que não se procedeu o cancelamento da NF-e no prazo regulamentar.

Considerando que a unidade de atendimento não possui competência regimental para propor procedimentos que não estejam normatizadas, sugere-se que a interessada se reporte ao órgão consultivo desta SEFAZ-MT mediante a Consulta Tributária (Artigos 994 a 1013 da Parte Geral do RICMS-MT).

Então, pelo que eu entendi do seu caso, acabou rolando uma duplicidade de NF, né? Quando tem retorno de conserto, normalmente quem emite a nota de entrada é o contribuinte que recebeu o bem de volta.

Se o fornecedor também emitiu uma nota de retorno, aí fica duas pro mesmo evento (o que não seria o ideal). Pelo art. 201, a obrigação seria sua, já que você tem inscrição e já mencionou que emitiu a NF.

Da Emissão de Nota Fiscal na Entrada de Mercadorias

Art. 201 O contribuinte, exceto o produtor agropecuário não equiparado, emitirá NF sempre que entrarem bens ou mercadorias em seu estabelecimento, real ou simbolicamente (...)

I – Novos ou usados remetidos, a qualquer título, por produtores agropecuários, pessoas físicas ou jurídicas não obrigadas à emissão de documentos fiscais;

(...)

§ 7º É vedada a emissão de NF de Entrada nas hipóteses dos incisos I e VIII do caput.

Se fosse comigo, eu faria a recusa da nota do fornecedor e registraria só a minha na escrituração, pra não ficar duplicado. Mas claro, essa é só a forma como eu interpreto a situação