Emissão obrigatória, nos termos do inciso I do § 2º do Art. 343 da parte geral do RICMS/MT.

Minha confusão se da em razão do Ajuste Sinief 08/21 trazer: 

Cláusula terceira-A A obrigatoriedade de emissão do MDF-e não se aplica: (Nova redação dada pelo Aj. SINIEF 08/21)
II - na hipótese prevista no inciso II do caput da cláusula terceira deste ajuste, nas operações realizadas por:
a) Microempreendedor Individual - MEI, de que trata o art. 18-A da Lei Complementar nº 123, de 14 de dezembro de 2006;

Veja o teor do inciso II da Cláusula terceira do Ajuste SINIEF 21/2010:

II - pelo contribuinte emitente de NF-e de que trata o Ajuste SINIEF 07/05, de 30 de setembro de 2005, no transporte de bens ou mercadorias realizado em veículos próprios ou arrendados, ou mediante contratação de transportador autônomo de cargas. (Nova redação dada pelo Aj. SINIEF 9/15, efeitos a partir de 1º.12.15)

Agora Veja o Teor do inciso II da Cláusula Terceira-A do mesmo Ajuste:( com a nova redação dada  pelo Ajuste SINIEF 08/2021)

II - na hipótese prevista no inciso II do caput da cláusula terceira deste ajuste, nas operações realizadas por:
a) Microempreendedor Individual - MEI, de que trata o art. 18-A da Lei Complementar nº 123, de 14 de dezembro de 2006;

Se observar o inciso II da Cláusula terceira do referido Ajuste trata de emitente de NF-e e não de CT-e.

Boa tarde, Geronaldo!

Mas o ajuste SINIEF 08/21 realmente altera o ajuste SINIEF 07/05 e acrescenta essa parte:

Cláusula primeira A cláusula terceira-A do Ajuste SINIEF 21/10, de 10 de dezembro de 2010, passa a vigorar com a seguinte redação:
"Cláusula terceira-A A obrigatoriedade de emissão do MDF-e não se aplica:
I - em operações e prestações realizadas por pessoa física ou jurídica responsável pelo transporte de veículo novo não emplacado, quando este for o próprio meio de transporte, inclusive quando estiver transportando veículo novo não emplacado do mesmo adquirente.
II - na hipótese prevista no inciso II do caput da cláusula terceira deste ajuste, nas operações realizadas por:
a) Microempreendedor Individual - MEI, de que trata o art. 18-A da Lei Complementar nº 123, de 14 de dezembro de 2006;

Porém não deixa explícito se essa não aplicabilidade continua válida para o MEI com I.E. e também emissor de CT-e.