Então, pelo que eu entendi do seu caso, acabou rolando uma duplicidade de NF, normalmente quem emite a nota de devolução é o contribuinte que recebeu o bem.
Se o fornecedor também emitiu uma nota de Devolução, aí fica duas pro mesmo evento (o que não seria o ideal). Pelo art. 201, a obrigação seria sua, já que você tem inscrição e já mencionou que emitiu a NF.
Da Emissão de Nota Fiscal na Entrada de Mercadorias
Art. 201 O contribuinte, exceto o produtor agropecuário não equiparado, emitirá NF sempre que entrarem bens ou mercadorias em seu estabelecimento, real ou simbolicamente (...)
I – Novos ou usados remetidos, a qualquer título, por produtores agropecuários, pessoas físicas ou jurídicas não obrigadas à emissão de documentos fiscais;
(...)
§ 7º É vedada a emissão de NF de Entrada nas hipóteses dos incisos I e VIII do caput.
Se fosse comigo, eu faria a recusa da nota do fornecedor e registraria só a minha na escrituração, pra não ficar duplicado. Mas claro, essa é só a forma como eu interpreto a situação