Boa tarde!
Microprodutor não pode ter CNAE secundário de transportadora. Pode o produtor abrir uma inscrição Estadual de MEI caminhoeiro caso fosse fazer transporte para terceiros. Neste caso teria que emitir CTA-e ou NFF.
Microprodutor que possui caminhão proprio não precisa emitir CTe no transporte da compra e venda de gado bovino.
DECRETO 2.214/20114 (REGULAMENTO DO ICMS DE MT)
Art. 4° Para os efeitos da aplicação da legislação do imposto:
III – não se considera prestação de serviço o transporte realizado em veículo próprio, assim entendido aquele registrado em nome do remetente ou destinatário constante da Nota Fiscal.
(...)
§ 3° A exclusão prevista no inciso III do caput deste artigo alcança, ainda, o transporte realizado em veículo operado em regime de locação, inclusive arrendamento mercantil, ou outra forma similar.