Veja o que prevê a legislação vigente, vide artigo 759 do Dec. 2.214/2014 (Regulamento do ICMS), transcrito abaixo:

Art. 759 Fica VEDADA a inscrição de empresas de construção civil no Cadastro de Contribuintes do ICMS deste Estado, ainda que declare alguma atividade secundária sujeita ao ICMS.

• 1°​  A empresa de construção civil que comprovar exercer atividade secundária sujeita ao ICMS DEVERÁ CONSTITUIR ESTABELECIMENTO FILIAL exclusivamente para essa atividade, com CNPJ próprio, a fim de obter a inscrição no Cadastro de Contribuintes do ICMS, podendo ser localizada no mesmo endereço onde realiza as atividades sujeitas ao Imposto sobre Serviços de Qualquer Natureza - ISS, de competência dos municípios.
• 2° O disposto no caputdeste artigo NÃO SE APLICA QUANDO AS ATIVIDADES econômicas de construção civil declaradas forem enquadradas em CNAE SECUNDÁRIA do estabelecimento e DESDE QUE A RESPECTIVA CNAE PRINCIPAL seja pertinente a atividade econômica sujeita ao ICMS, sendo, nesta hipótese, admitida a obtenção de única inscrição estadual.​

Portanto, se tem atividade PRINCIPAL de comércio poderá emitir NF-e normalmente.

Caso persista dúvidas, oriento a entrar no CHAT.